A Subsecretaria de Orçamento é a unidade responsável por realizar o planejamento e o monitoramento da execução orçamentária de toda a Prefeitura. O planejamento orçamentário envolve a elaboração das peças orçamentárias da Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e a Lei Orçamentária Anual (LOA). Por sua vez, o monitoramento da execução orçamentária envolve a análise e autorização dos pré-empenhos no Sistema Informatizado de Gestão de acordo com a legalidade processual, bem como dos valores aprovados no Pacto de Gestão Fiscal. Também é responsabilidade da Subsecretaria de Orçamento realizar projeções e estudos fiscais com a finalidade de subsidiar a tomada de decisões estratégicas que garantam a gestão eficiente dos recursos públicos.